现将基本流程简述如下：
1、发酵工艺段
 以20吨牛粪、10吨鸡粪、20吨猪粪为原料，加入生物菌种，发酵温度控制在50-60℃，完成发酵后颜色呈深褐色，无粪臭但有堆肥气味。沼气收集后经水封罐、阻火器进入沼气锅炉燃烧，为发酵装置、造粒、干燥等单元提供热量。
2、复配工艺段
（1）粉碎
对配料（稻草、秸秆、豆饼、骨粉、蹄角粉等）进行粉碎，同时对无机肥进行粉碎。
（2）原料复配与混合
有机与无机原料的配方按不同系列产品进行混合。在搅拌机内充分混匀。假如比例12%，约12吨。
（3）含水率控制
加秸杆粉或草炭C/N比高含水率低的有机物料，其加入量为木炭6吨/天、草碳6吨/天、稻草麦杆18吨/天，处理后原料含水率60%-65%，C/N比20-30。加入物质须经充分破碎。
3、造粒工艺
（1）粉碎
发酵存放1天后进行粉碎，将发酵好的有机料进行烘干、粉碎、筛分。
（2）复配与混合
在系列专用肥制作过程中，根据不同土壤状况及不同作物，添加无机养分以及浓缩有机质和微量元素性的矿物质，使肥料中含有多种植物生长所需的营养元素如氮、磷、钾、钠、锰、锌、铜等。根据配方将氮、磷、钾及发酵好的物料进行电脑配比搅拌，输送至造粒机进行造粒。有机与无机原料的配方按不同系列产品进行混合。在搅拌机内充分混匀。假如比例12%，约12吨。
（3）造粒
由于生物肥料的生产，以有机质为主，纤维素多、成形条件差，并添加有造肥功能的活细菌群、生产过程以不宜接触高温等特点。对于有机生物肥的生产，采用湿法造粒新型有机肥专用造粒机，造粒后物料通过皮带机送入烘干机进行干燥。颗粒直径为3.0-4.0mm，成粒率大于70%。
（4）烘干
生物肥料的生产过程中，不仅成形后颗粒含水量一般都要超过指标，需要低温烘干，而且有机质原料经发酵后，含水量约为30%～40%，成粒后颗粒水份一般在15%～20%之间，肥料质量指标要求含水量低于14%，需进行烘干处理。因此干燥工段是生物肥料生产过程中不可缺少的重要工序，直接影响产量、质量和能耗，合理选择干燥机的型号规格，控制的工艺条件是非常重要的。
为避免有效活细菌在烘干过程中因温度过高而死亡，物料烘干温度不得高于60℃（一般50℃），为此与物料接触的热风温度，应根据物料的含水量不同而有所不同，一般不超过130℃，以能分段控制热风温度为宜，即可以提高热效率，又可以避免有效活细菌的死亡。根据这些特点，选用带式烘干机比较合适，该机适合低温低水份烘干，而且可段控制热风进入的温度，确保物料温度在整个烘干过程中不高于规定的温度，机尾还可增加自然风冷却段，使物料烘干后马上可以冷却，起到一机多用的功能，对透气性好的颗粒状生物肥料的烘干，非常适合，而且物料烘干平稳均匀，颗粒不受任何破损，停留时间和加料速度可以调节，以取得更佳干燥效果，由于大部分热风可循环利用，热效率高，热源可采用沼气锅炉提供的蒸汽。
在烘干机前部设有一段二次造粒区，物料在此区间可实现二次造粒。然后经扬料板将物料扬起实行充分干燥，烘干机尾部通过抽风机经管道将湿润的热空气抽出，进入沉降室沉降，尾气在通过沉降后经过洗涤塔实行喷淋降尘，喷淋水由水泵抽出循环使用，经过二次降尘处理后，尾气经烟囱排入大气。
（6）冷却
烘干的物料经皮带输送机、送入冷却机内进行冷却，冷却过程主要是用风机将自然空气经管道送入冷却机中对物料进行冷却，冷却机内风向为逆流，经风机、管道抽进沉降室的尾气与烘干尾气一样进行处理排入大气。
冷却后的物料进入筛分，大颗粒物料经粉碎后与筛出的粉料一起进入返料皮带输送至造粒机实行再造粒，成品进入自动包装系统进行包装。